Queste possono coinvolgere l'apparato visivo direttamente (scegliendo l'occhio come vero e proprio organo bersaglio dell'infiammazione di origine autoimmune) oppure indirettamente attraverso gli effetti collaterali delle terapie a lungo termine necessarie per controllare la malattia di base. Nel LES, nella Sclerodermia e nella Dermatomiosite, ad esempio, la terapia corticosteroidea prolungata può provocare la comparsa di cataratta o di glaucoma.